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SE(3)不変性（特殊ユークリッド群の不変性）は、機械学習モデルにおいて、3次元空間の回転および並進変換に対して不変であることを意味します。つまり、SE(3)不変性を持つモデルは、分子の3次元構造が回転や並進によってどのように変換されても、...

タンパク質バックボーンから配列を生成する際のSequence recovery rate（配列回復率）は、生成された配列が元のターゲット配列とどれだけ一致しているかを示す指標です。これは、予測された配列と実際の配列の間で、どれだけ正確にアミ...

Pythonでmrcfileパッケージを使って、mrcファイルからoriginとpixelsizeを抽出し、PDBファイルの座標にangstrom単位で適用する方法について説明します。 まず、必要なパッケージをインストールします。ターミナル...

アプリンゴ国際特許が出ていたとして、日本で特許が成立していなければ、その特許を利用しても良いのでしょうか？ その後日本で特許が成立した場合、過去に遡って特許利用が問題になるでしょうか？赤リンゴ国際特許というものは厳密には存在しません。PCT...

mrcfileと言うモジュールを使ってmrcファイルからheaderに書かれているorigin情報を抜き出し、origin_info.txtとして保存し、その後headerのoriginを0にセットしてファイルを保存する方法pip inst...

モジュールをpip install しないでPDBファイルの座標x,y,z を任意の一定量シフトするプログラムdef shift_pdb_coordinates(pdb_file, x_shift, y_shift, z_shift): "...

Hydraは、複雑なアプリケーション設定を管理するためのフレームワークです。以下に、Hydraが便利な理由を示す具体例をいくつか紹介します。 階層的な設定管理: Hydraは、YAMLファイルを使って階層的な設定管理を行うことができます。こ...

コードの簡素化・chatGPTによる添削プログラミングでは、瞬時に最適なコードが書けるわけではありません。最適化された簡潔なコードを書くためには、何度も書き直す必要があります。ChatGPTを使うことで、書き直しの回数を減らすことができます...

ふるさと納税年収が１２００万円程度なので、我が家では児童手当がもらえません。というわけでふるさと納税で補填するスタイルです。サラリーマンは辛いですな。帰省費用関西に自宅があればJTBのクーポンがもらえるこれがおすすめ。【京都市】で１泊以上の...

MathJaxは超便利な数式ツールなのですが、Wordpressで使う場合若干の注意が必要です。そんな情報をまとめておきます。数式を記述した後、その後に改行が必要。改行がない場合、適切に表示されない。を表示したくて、<p>$$\begin{...