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rdkitで特定の原子に構造を付加するスクリプト

from rdkit import Chemfrom rdkit.Chem import AllChem# PDBファイルから分子を読み込むmol = Chem.MolFromPDBFile('path_to_your_pdb_file.p...
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平和不動産について調べてみた

平和不動産について調べてみた日本が金融ハブになった時に間違いなくアガある株である平和不動産について調べてみた。日本が金融ハブになることはすでに確定している可能性が高いと思います。なぜそう思っているのか?新冷戦がスタートした2013年以降の日...
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2023年7月投資の雑観

7月ここから簡単に戻すようなチャートには見えないですが、戻すんですかね?為替も介入がちらつかせるようになってきたので、色々と、そろそろ逆方向に動き出しそうな気がする。Fear & Greed 指数米国も過熱感が結構頭を打ってきています。投資...
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2023年6月投資の考え

6月3日騰落レシオちょっと過熱感は落ち着いてきているが、日経平均は鰻登り。日経平均寄与率大銘柄とその他銘柄とで過熱感に大きな乖離がある。一般個人投資家は冷めている様子。メガ不動産が動き出している感じあり注目株空港施設AB&Compamy日本...
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愛知電機

2023.4Qの営業利益の落ち込みはひどい円安は追い風時価総額315億円(2023/05/29)投資に気合が入っている投資キャッシュフローがでかい。2017年度決算では、電力機器のセグメント利益が大きい一方で、2023年には回転機セグメント...
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chatGPTに入力できるtoken数と日本語が英語に比べて不利である理由

アプリンゴchatGPTなどに入力する際に日本語と英語では入力できる内容量が異なってくると思います。 chatGPTに入力できるトークン量は約4000だと思いますがあってますか? また、日本語の場合は助詞の”てにをは”が入ってくるため、トー...
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オープンソース大規模言語モデルがGoogleやOpenAIをやっつける?

Metaが公開したLLaMAを中心としたコミュニティでの活動が強すぎて、オープンソース大規模言語モデルの性能上昇が凄い!OpenAIが追いつかれるのも時間の問題 だろうという。GAFAMに支配されるという世界線は遠のいているかもという記事。...
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水を介したタンパク質間相互作用で一番すごいのはこの相互作用だと思う

Crystal Structural Analysis of Barnase-barstar Complex  (PDB: 2ZA4)AF2は共変する残基を予測し、構造を記憶によって埋めます。これにより、非常に強いヘテロ二量体の典型的な例で...
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SE(3)不変性の重要性とは

SE(3)不変性(特殊ユークリッド群の不変性)は、機械学習モデルにおいて、3次元空間の回転および並進変換に対して不変であることを意味します。つまり、SE(3)不変性を持つモデルは、分子の3次元構造が回転や並進によってどのように変換されても、...
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Sequence recovery rate(配列回復率)とは

タンパク質バックボーンから配列を生成する際のSequence recovery rate(配列回復率)は、生成された配列が元のターゲット配列とどれだけ一致しているかを示す指標です。これは、予測された配列と実際の配列の間で、どれだけ正確にアミ...