RDkit RDkitのGetSSSRについて
smallest set of simple rings（SSSR）GetSSR (Get Smallest Set of Smallest Rings) は、分子に対して最小の単純な環の集合を取得する関数です。RDKit の rdkit....
アプリンゴ
RDkit 未分類 オープンソース大規模言語モデルがGoogleやOpenAIをやっつける？
Metaが公開したLLaMAを中心としたコミュニティでの活動が強すぎて、オープンソース大規模言語モデルの性能上昇が凄い！OpenAIが追いつかれるのも時間の問題 だろうという。GAFAMに支配されるという世界線は遠のいているかもという記事。...
未分類 水を介したタンパク質間相互作用で一番すごいのはこの相互作用だと思う
Crystal Structural Analysis of Barnase-barstar Complex (PDB: 2ZA4)AF2は共変する残基を予測し、構造を記憶によって埋めます。これにより、非常に強いヘテロ二量体の典型的な例で...
未分類 SE(3)不変性の重要性とは
SE(3)不変性（特殊ユークリッド群の不変性）は、機械学習モデルにおいて、3次元空間の回転および並進変換に対して不変であることを意味します。つまり、SE(3)不変性を持つモデルは、分子の3次元構造が回転や並進によってどのように変換されても、...
未分類 Sequence recovery rate（配列回復率）とは
タンパク質バックボーンから配列を生成する際のSequence recovery rate（配列回復率）は、生成された配列が元のターゲット配列とどれだけ一致しているかを示す指標です。これは、予測された配列と実際の配列の間で、どれだけ正確にアミ...
未分類 Pythonでmrcfileパッケージを使って、mrcファイルからoriginとpixelsizeを抽出し、PDBファイルの座標にangstrom単位で適用する方法
Pythonでmrcfileパッケージを使って、mrcファイルからoriginとpixelsizeを抽出し、PDBファイルの座標にangstrom単位で適用する方法について説明します。 まず、必要なパッケージをインストールします。ターミナル...
未分類 国際特許制度について
アプリンゴ国際特許が出ていたとして、日本で特許が成立していなければ、その特許を利用しても良いのでしょうか？ その後日本で特許が成立した場合、過去に遡って特許利用が問題になるでしょうか？赤リンゴ国際特許というものは厳密には存在しません。PCT...
未分類 MRCファイルの操作方法いろいろ
mrcfileと言うモジュールを使ってmrcファイルからheaderに書かれているorigin情報を抜き出し、origin_info.txtとして保存し、その後headerのoriginを0にセットしてファイルを保存する方法pip inst...
未分類 PDBファイルの座標x,y,z を任意の一定量シフトするプログラム
モジュールをpip install しないでPDBファイルの座標x,y,z を任意の一定量シフトするプログラムdef shift_pdb_coordinates(pdb_file, x_shift, y_shift, z_shift): "...
未分類 Hydraを使って複雑なアプリケーション設定を管理しよう
Hydraは、複雑なアプリケーション設定を管理するためのフレームワークです。以下に、Hydraが便利な理由を示す具体例をいくつか紹介します。 階層的な設定管理: Hydraは、YAMLファイルを使って階層的な設定管理を行うことができます。こ...